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La salinité, le froid et la submersion constituent les contraintes majeures à la production de riz à l'échelle du globe. A ce titre, la sélection de plants de riz tolérants à ces trois traits devient une priorité. Cette étude consistait à faire le génotypage de 574 lignés, à identifier les familles portant les gènes désirés et à dénicher les individus ayant des QTLs tolérants à ces stress par le biais de la biotechnologie. Les lignées testées sont issues de croisements multi-parentaux: population1 (Kogoni91-1/ Yunkeng// IR64-sub1/ IR4630) et population 2 (Jaya/ Silewah// BG90-2/ Basmati 370). Les trente-huit (38) lignées testées constituant les familles 7, 10, 15 et 25 de la population 1, sept (7) ont introgressé l'allèle IR64-sub1 pour la tolérance à la submersion avec RM8300 soit 18,4% et neuf (9) ont hérité l'allèle IR4630 pour la tolérance à la salinité avec le marqueur SKC-3 soit 23,7%. Pour la population 2, les 20 individus de la famille1 ont décelé tous l'allèle Silewah avec RM280 et RM523. De plus, 14 et 4 individus révélaient le QTL pour la tolérance au froid respectivement avec les amorces RM 348 et RM231.