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Como nuestro mundo es un ecosistema, cada uno de nosotros es un ecosistema en sí mismo. Somos seres vivos, con un mundo en miniatura viviendo dentro de nosotros. Este mundo en miniatura es el submundo bacteriano, actualmente llamado microbiota. El entorno que nos rodea está poblado de bacterias. Éstas pueden invadir nuestro organismo y producir toxinas que causan enfermedades.En cuanto a los orígenes y la naturaleza de la infección, se oponen dos teorías principales: El principio microzimánico de Béchamp y la teoría de los gérmenes de Pasteur. Mientras tanto, la búsqueda y las experiencias de Samuel Hahnemann crearon una nueva medicina que respeta la microbiota y aumenta los principales mecanismos de defensa contra los gérmenes patógenos.La supresión de las infecciones agudas por un uso menos racional de los antibióticos puede haber dado lugar a la actual epidemia de enfermedades crónicas. Otras enfermedades no infecciosas pueden ser el resultado de la eliminación de las bacterias que provocan un desequilibrio de la microbiota.