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Comme notre monde est un écosystème, chacun d'entre nous est lui-même un écosystème entier. Nous sommes des créatures vivantes, avec un monde miniature qui vit en nous. Ce monde miniature est le sous-monde bactérien, couramment appelé microbiote. L'environnement qui nous entoure est peuplé de bactéries. Elles peuvent envahir notre organisme et produire des toxines à l'origine de maladies.Concernant l'origine et la nature de l'infection, deux grandes théories s'opposent : Le principe microzymien de Béchamp et la théorie des germes de Pasteur. Entre-temps, les recherches et les expériences de Samuel Hahnemann ont donné naissance à une nouvelle médecine qui respecte le microbiote et augmente également les principaux mécanismes de défense contre les germes pathogènes.La suppression des infections aiguës par une utilisation moins rationnelle des antibiotiques a peut-être donné naissance à l'épidémie actuelle de maladies chroniques. Plusieurs autres maladies non infectieuses peuvent résulter de l'élimination de bactéries provoquant un déséquilibre du microbiote.