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Desde 2009 al 2012 se realizó una evaluación, caracterización y diagnóstico ambiental de la contaminación empleando a los sedimentos como índices de alteración ambiental y riesgo toxicológico. Se evaluó: Calidad del agua, Núcleo sedimentario, Metales, Hidrocarburos del petróleo, Plaguicidas, Bifenilos policlorados, Toxicidad de sedimentos, Microbiología, Pesquerías, Hidrodinámica y análisis de dispersión de la pluma térmica. El sistema mostró una definida influencia de la descarga del río y los asentamientos urbanos periféricos, con una productividad normal y semejante a otros ambientes costeros. Los HAP's, los metales, y bifenilos policlorados presentaron concentraciones por debajo de los criterios ecológicos ERL y ERM, por lo que no existe un riesgo ambiental de la toxicidad de los sedimentos. Los resultados de la Microbiología mostraron elevadas concentraciones y fuera de la Normatividad mexicana. La comunidad de peces presentó diversidad similar al de otras lagunas del Golfo de México. El sistema es bien mezclado y no presenta estratificación. Se concluye que el sistema debe de acoplarse a un modelo regional de corrientes oceanográficas y de meteorología (vientos).