La victoire militaire du FPR au Rwanda et l'exacerbation des antagonismes ethniques a jeté sur les routes, les plus importants flux des réfugiés jamais observés dans l'histoire de la région des grands lacs:plus de deux millions des personnes en quête d'asile trouvent refuge au kivu en RDC. Les camps qui les hébergeaient se seraient transformés à leur tour en bases de lancement des attaques ou des opérations militaires contre le territoire rwandais. En devenant une menace pour le FPR, ces réfugiés allaient aussi constituer la cause des malentendus entre l'ex-Zaïre et le Rwanda. C'est ainsi qu'en octobre 1996,le Rwanda va lancer une offensive destinée à contraindre au retour les réfugiés rwandais et à disperser les autres à travers l'immense Zaïre. Le réfugiés qui sont restés en RDC ont recherchés refuge dans les forêts profondes à l'est du pays. D'autres encore dont le nombre serait restreint vivent aujourd'hui en milieu urbain.