Ce travail est le fruit de réflexion faisant suite à plusieurs constations en ce qui concerne la gestion des collèges et lycées au Bénin. En effet, le système éducatif béninois est confronté, au niveau des établissements scolaires, à des problèmes de gouvernance moderne. La fonction des chefs d'établissement n'est pas encore une profession exercée par des professionnels. Ce sont des enseignants qui assurent les traditionnelles routines administratives de ces organisations où se concrétise pourtant, la volonté politique de l'éducation nationale. Les résultats scolaires, lorsqu'ils sont médiocres sont souvent imputés aux seuls enseignants. La théorie selon laquelle « pour bien éduquer, il faut avoir bien géré » est ignorée ! Par ailleurs, la fonction est de plus en plus banalisée avec sa politisation à outrance et les nominations des ''enseignants'' sans formation initiale professionnelle et sans expériences aucune en matière d'administration. Le présent travail, après avoir fait un état des lieux du système éducatif du Bénin a montré les fondements modernes pour une gestion efficace des établissements scolaires.