Les collections du Jardin botanique principal constituent un patrimoine national et mondial. Actuellement, les collections vivantes comprennent 18 259 taxons : 10729 espèces, variétés, formes et 7530 sortes de plantes. Elles sont placées dans des sites d'exposition et de collection, "La flore naturelle" (1759 taxa), "Arboretum" (1564 taxa), "Plantes ornementales" (5690 taxa), "Plantes cultivées" (2478 taxa), "Jardin japonais" (100 taxa), "Serre de stockage" (6768 taxa). Les collections de la branche de Cheboksary comprennent 2810 noms de plantes. Les jardins botaniques de Russie participent à des programmes visant à conserver la diversité des espèces in situ, y compris des programmes de récupération des espèces, de restauration des habitats, de gestion des populations végétales et des écosystèmes. Ils développent et entreprennent également des programmes planifiés pour la conservation de la biodiversité ex situ, en donnant la préférence aux espèces végétales indigènes à leur propre région.