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Les stéréomicroscopes peuvent être grossièrement divisés en deux familles de base, chacune ayant des caractéristiques positives et négatives. Le système stéréomicroscopique le plus ancien, nommé d'après l'inventeur Greenough, utilise des tubes de corps jumeaux qui sont inclinés pour produire l'effet stéréo.Un système plus récent, appelé objectif principal commun, utilise un seul grand objectif qui est partagé entre une paire de tubes oculaires et des systèmes de lentilles. Ces deux types de microscopes peuvent être équipés d'objectifs individuels à paliers pour modifier le grossissement, ou d'un système de grossissement à variation continue de type zoom.La principale caractéristique d'identification des microscopes stéréo est le fait qu'ils contiennent deux chemins lumineux distincts, chacun d'entre eux offrant un angle de vue différent. Par conséquent, l'utilisateur peut observer des images tridimensionnelles de l'objet étudié. Cela en fait l'outil idéal pour observer les caractéristiques externes d'objets/spécimens relativement grands, la dissection de spécimens biologiques, la réparation de circuits imprimés, etc.