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Le virus John Cunningham (JCV) est un membre de la famille des Polyomaviridae, qui comprend le virus BK et le SV40. Le nom de polyome fait référence à la capacité de cet organisme à produire des tumeurs dans de nombreux organes différents. Ce sont des virus non enveloppés avec des capsides icosaédriques et des génomes d'ADN double brin circulaires de petite taille, les génomes ayant une taille de 5 kb. Les hôtes naturels des polyomavirus sont les humains, les autres primates, les rongeurs, les lapins et les oiseaux.