Funktsional'naya ekologiya izuchaet mekhanizm funktsionirovaniya prirodnykh ekosistem, ikh izmenchivost' vo vremeni (fluktuatsii, metamorfozy, evolyutsii) pod vliyaniem estestvennykh i antropogennykh faktorov. Ekosistema simbioticheskaya assotsiatsiya spetsializirovannykh po tipam pitaniya biologicheskikh soobshchestv (fitotsenoza, zootsenoza i pedotsenoza), ob"edinennykh obshchim tsiklom metabolizma fazovykh prevrashcheniy veshchestva ekosistemy (mineral'naya massa biomassa - nekromassa - minermassa). Zamknutost' metabolizma ekosistem 90-99% ikh obshchey massy (ekomassy). Ekosistema funktsioniruet avtonomno za schet obmena simbiontov otkhodami zhiznedeyatel'nosti. Emkost' i skorost' metabolizma ekosistemy kontroliruetsya dinamikoy gidrotermicheskikh usloviy v sutochnom, godovom i mnogoletnem tsiklakh. Metabolizmom ekosistem mozhno upravlyat' putem iskusstvennoy regulyatsii faktorov sredy lokal'nogo, regional'nogo i global'nogo masshtaba.