A leptospirose é uma zoonose hídrica (60.000 infecções e 1 milhão de mortes por ano). O conhecimento sobre a doença no contexto urbano é surpreendentemente raro, especialmente em África. Aqui, fornecemos o estudo ¿rst dos leptospiros nas águas de uma cidade africana. Foi desenvolvido um método simples baseado na centrifugação para rastrear os leptospiros transportados pela água a partir de áreas remotas ou pobres. Os principais íons, elementos vestigiais, isótopos estáveis e Leptospira patogênica foram então investigados sazonalmente a partir de diferentes características sócio-ambientais e hidrográficas. Primeiramente, nenhum leptospiro foi detectado em águas correntes. Em segundo lugar, embora não se possa excluir a contaminação superficial, um poço de água subterrânea foi encontrado com leptospiro positivo. Em terceiro lugar, a Leptospira patogênica contaminou principalmente águas superficiais de lagoas temporárias e permanentes (9,5% e 27,3% da prevalência total, respectivamente). As assinaturas isotópicas sugerem que os leptospiros ocorreram em águas de lagoas formadas no início da estação chuvosa, após eventos de chuvas baixas a moderadas.