Les antibiotiques sont considérés comme des balles magiques ou des médicaments magiques car ils ciblent les organismes responsables de la maladie. Malheureusement, ils risquent de ne plus être efficaces dans un avenir proche en raison de la résistance aux antibiotiques qui entraîne des infections potentiellement mortelles. Ils doivent donc être utilisés judicieusement lorsqu'ils sont indiqués, par exemple en cas d'infection étendue et persistante et pour la prophylaxie dans les conditions indiquées par l'Association américaine des endodontistes. Les beta-lactamines sont les médicaments de choix pour traiter les infections endodontiques. Les antibiotiques doivent être utilisés à forte dose pendant une période aussi courte que le permet la situation clinique, car une durée plus courte réduit le risque de développer une toxicité induite par les antibiotiques et une résistance aux antibiotiques. Pour surmonter la résistance aux antibiotiques, des liposomes ont été mis au point, qui agissent comme un leurre de toxine. La toxine entre en contact avec le liposome, s'y fixe et devient inutile. Si nécessaire, ils pourraient être utilisés comme antibiotiques dans les infections très graves mettant en jeu le pronostic vital, afin de vaincre la résistance aux antibiotiques.