Les infections endodontiques sont de nature poly-microbienne, les bactéries anaérobies obligatoires dominant manifestement le microbiote dans les infections primaires. La grande majorité des micro-organismes dans la nature se développent invariablement et fonctionnent en tant que membres de communautés métaboliquement intégrées, ou biofilms. Ces biofilms sont responsables de la plupart des infections chroniques et de la quasi-totalité des infections récalcitrantes chez l'homme. Les objectifs du traitement du canal radiculaire sont de dissoudre les tissus pulpaires vitaux ou nécrotiques, de perturber les biofilms endodontiques, de neutraliser les endotoxines et d'éliminer la couche de smear. L'application du concept de biofilm à la microbiologie endodontique permet de comprendre le potentiel pathogène du microbiote du canal radiculaire et d'élaborer de nouvelles approches en matière de désinfection du canal radiculaire.