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Les biomarqueurs fournissent une indication précoce de la présence et/ou des effets d'une contamination du milieu. Ces outils présentent l'avantage de pouvoir caractériser le moules mode(s) d'action d'un contaminant, certains biomarqueurs présentant une spécificité relative vis-à-vis d'un type de contaminant. Les biomarqueurs peuvent être utilisés directement sur des organismes autochtones du milieu d'intérêt mais également dans le cadre de bioassais. L'activité de l'acétylcholinestérase et le taux d'alimentation sont deux pertinents biomarqueurs afin de mesurer l'effet d'exposition aux polluants chez plusieurs groupes d'invertébrés et des poissons. Toutefois d'autres travaux de recherches paraissent nécessaires pour se limiter aux artéfacts d'interprétation de leurs valeurs et avoir des résultats de plus en plus efficaces.