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Le phytoplancton est une plante microscopique flottante qui constitue l'élément de base de la chaîne alimentaire aquatique. Les diatomées font partie du phytoplancton. Les diatomées sont présentes dans presque tous les environnements aquatiques et sont abondantes dans la plupart d'entre eux. Elles sont sensibles aux changements de qualité de l'eau et de nombreux taxons ont des optima et des tolérances bien développés. Grâce à leurs cycles cellulaires courts, elles sont capables de coloniser rapidement de nouveaux habitats, entraînant des changements dans leur communauté, ce qui représente une réponse rapide aux changements environnementaux. Le temps de réponse des diatomées est un intermédiaire utile entre l'échantillonnage physico-chimique immédiat et peu fréquent, où des changements rapides peuvent entraîner des fluctuations écologiques importantes. Les diatomées sont limitées dans leurs déplacements entre les habitats et se portent donc bien dans l'environnement où elles se trouvent ou ne s'y portent pas bien. Les diatomées sont de plus en plus utilisées comme indicateurs biologiques car elles réagissent fortement aux changements environnementaux et intègrent les réactions à une série de polluants dans les masses d'eau sur différentes échelles de temps et peuvent être utilisées pour comparer les changements relatifs de la qualité de l'eau d'un site à l'autre.