Il problema dell'apolidia del popolo Borana sorse come conseguenza della Guerra Shifta del 1963-1967, che fu un conflitto basato sulla secessione, in cui i somali etnici residenti in Kenya cercarono di esercitare il loro diritto all'autodeterminazione nella regione nord-orientale del Kenya, tentando di unire il corno del Kenya al resto della Somalia. Il regime di Kenyatta non prese la cosa alla leggera e incaricò immediatamente i suoi agenti di sicurezza di costringere apparentemente i somali etnici in campi di concentramento e, ancora peggio, fece rispettare l'ordine di sparare per uccidere qualsiasi ribelle Cushitic nella regione in slealtà al governo. Durante la guerra Shifta, i ribelli somali prendevano di mira individui dell'ex distretto della frontiera settentrionale, che sembravano essere fedeli al regime di Kenyatta. Questi individui erano residenti a Marsabit e Isiolo, che erano le principali stazioni, organizzando l'opposizione politica alla secessione. Queste persone erano principalmente minoranze cristiane Borana o Burji. Il governo keniota giurò di proteggere questi obiettivi morbidi, che erano kenioti sorvegliati dalle unità della Guardia Nazionale.