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L'oeil transforme la lumière en signaux électriques, langage du cerveau. Les cônes sont adaptés au spectre lumineux et réagissent à la lumière rouge, verte et bleue. Les bâtonnets, qui sont 100 fois plus sensibles à la lumière, nous permettent de voir dans l'obscurité. Dans les bâtonnets et les cônes, la lumière déclenche des réactions chimiques qui activent des neurotransmetteurs pour envoyer des signaux nerveux au cerveau avec les composants de base de la lumière, de la couleur et de la forme ; la sensation de vision est un processus mental complexe appelé perception dans le cortex occipital. La formation réticulaire est un réseau complexe de noyaux et de neurones du tronc cérébral qui sert de centre d'intégration pour coordonner les fonctions nécessaires à la survie. La kynurénine (KYN) est un métabolite du tryptophane (TRP) formé dans la voie de la kynurénine impliquée dans la neurotransmission, l'excitabilité des membranes cellulaires neuronales et la neurodégénérescence La glande pinéale produit de la mélatonine, qui module les schémas de sommeil dans les cycles circadiens et saisonniers ; elle a un flux sanguin abondant, alimenté par les branches choroïdiennes de l'artère cérébrale postérieure. Elle joue un rôle important dans l'évolution spirituelle ; plus que toute autre partie du corps, elle reçoit la plus forte concentration d'énergie.