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Les archées humaines endosymbiotiques et coliques sécrètent des virus à ARN et à ADN et leur servent de réservoir. Les viroïdes archéens sécrètent des virus enveloppés comme le SRAS, le MERS, la corona et le VIH. Le processus de sécrétion des archées est le même que celui des virus enveloppés comme le SRAS, le MERS et le Corona. Les chauves-souris servent de réservoir pour les virus comme le SRAS, le MERS et le Corona. Les chauves-souris contiennent des archaebactéries qui peuvent sécréter des viroïdes à ARN et générer des virus. Les archées coliques et endosymbiotiques génèrent également des viroïdes à ARN qui sont convertis en viroïdes à ADN par la transcriptase inverse du virus HERV épithélial du côlon et sont intégrés dans le génome du côlon. Les viroïdes à ARN et à ADN s'hybrident avec la population viroïde et bactérienne du microbiome intestinal et du virobiome ADN et ARN de l'intestin, ce qui entraîne la génération de nouveaux virus émergents. Les viroïdes à ARN et ADN et les bactéries intestinales peuvent également s'hybrider avec les séquences génomiques humaines et les séquences HERV de la cellule épithéliale coloniale.
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