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Les fibres alimentaires et les médicaments humains - antibiotiques et non antibiotiques - peuvent moduler la flore intestinale en favorisant la croissance et l'endosymbiose des archées du côlon. Un régime riche en fibres est digéré par la flore colique, ce qui entraîne la production d'acides gras à chaîne courte et inhibe la croissance des archées endosymbiotiques et coliques. Un régime pauvre en fibres avec une augmentation des protéines et des graisses stimule la croissance des archées endosymbiotiques et coliques. Les archées développent un mécanisme protecteur de résistance aux antibiotiques et dominent la microflore colique. Les archées coliques, par sélection naturelle et échanges d'ADN/gènes avec d'autres organismes coliques et endosymbiotiques, transfèrent les gènes de résistance aux antibiotiques à d'autres flores coliques. Cela constitue la base de la génération de superbactéries résistantes à tous les antibiotiques. L'archée colique génère également des viroïdes ARN qui sont convertis en viroïdes ADN par la transcriptase inverse HERV de l'épithélium colique et s'intègrent au génome colique. Les viroïdes ARN et ADN s'hybrident avec la population viroïde et bactérienne du microbiome intestinal et avec l'ADN et l'ARN du virobiome, ce qui entraîne la génération de nouveaux virus.