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La fibra alimentare e i farmaci umani - antibiotici e non antibiotici - possono modulare la flora intestinale producendo la crescita degli archei del colon e l'endosimbiosi. La dieta ad alto contenuto di fibre viene digerita dalla flora colonica portando alla generazione di acidi grassi a catena corta e inibisce la crescita endosimbiotica e arcaica del colon. Una dieta a basso contenuto di fibre con aumento di proteine e grassi porta alla stimolazione della crescita degli archei endosimbiotici e del colon. Gli archei sviluppano un meccanismo protettivo di resistenza agli antibiotici e dominano la microflora colonica. Gli archei del colon per selezione naturale e scambi di DNA/geni con altri organismi colonici ed endosimbiotici trasferiscono i geni per la resistenza agli antibiotici alla flora del colon. Questo costituisce la base per la generazione di superbatteri resistenti a tutti gli antibiotici. Gli archei del colon generano anche viroidi a RNA che vengono convertiti in viroidi a DNA dalla trascrittasi inversa HERV epiteliale del colon e vengono integrati nel genoma del colon. I viroidi RNA e DNA si ibridano con la popolazione viroide e batterica del microbioma intestinale e con il DNA e RNA del virobioma, portando alla generazione di nuovi virus.
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