En este trabajo abordamos una indagación sobre los organismos especializados de control, focalizando en su conformación en el nivel subnacional. Analizamos el diseño institucional del Tribunal de Cuentas y la Defensoría del Pueblo de la Provincia de Santa Fe, Argentina, en el período 2007/2009. El objetivo que nos proponemos es dilucidar si la configuración institucional de dichas agencias favorece o no el cumplimiento de las funciones para las cuales han sido creadas. Para la concreción de este estudio utilizamos una metodología cualitativa, realizando análisis interpretacionales o de contenido de documentos y entrevistas a informantes clave, que permiten aprehender la estructura institucional de las agencias y realizar consideraciones sobre su desempeño. Destacamos las fortalezas de estas instituciones y marcamos los que consideramos son los principales desafíos a los que las mismas se enfrentan.