Le malattie infettive sono uno dei tanti fattori che possono influire sulle prestazioni del gregge. Le moderne pratiche industriali, come i rigorosi programmi di igiene degli incubatoi, le vaccinazioni diffuse, l'uso di additivi per mangimi e le precauzioni di biosicurezza, si sono evolute per fornire una difesa, nella maggior parte dei casi, contro le gravi perdite causate da queste malattie. Tuttavia, gli allevatori di pollame devono rimanere vigili contro i focolai di malattie infettive, tra cui la colibacillosi, la coccidiosi e la salmonellosi, tra le principali malattie enteriche dei polli domestici. La colibacillosi e la salmonellosi possono essere trasmesse dall'incubatoio alle strutture di allevamento, poiché questi agenti si trovano all'interno dell'uovo e il pulcino è già infetto al momento della schiusa (trasmissione verticale), nonché per via orizzontale, la via orale è la più frequente.