Se analizan los procesos de institucionalización política del movimiento zapatista, desde la constitución de los municipios autónomos rebeldes, las juntas de buen gobierno y el mandar obedeciendo, como parte del estudio de los procesos autonómicos y la consolidación de las Regiones Autónomas Pluriétnicas Zapatistas (RAPZ), en un contexto de guerra de baja intensidad y contrainsurgencia asumida por el Estado mexicano en los gobiernos neoliberales del período 1994-2005 en Chiapas.La rebelión zapatista demostró la crisis del sistema político y del partido de estado y la estrategia de exterminio seguida contra las comunidades indígenas.