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Les manifestations extra intestinales de la RCH et MC sont très similaires. Elles surviennent chez 30-36 % des malades atteints de MICI, avec par ordre de fréquence décroissante les manifestations rhumatologiques, cutanées, oculaires et hépatobiliaires. Elles sont plus fréquentes dans les formes coliques, surtout dans les pancolites. Certaines évoluent parallèlement à la MICI, d'autres indépendamment. Les MEI liées à l'activité de la colite ont tendance à s'associer chez un même malade. Parfois les MEI sont les premiers signes de MICI et peuvent être trompeuses.