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Debido a la falta de criterios de selección adecuados, el desarrollo de variedades de arroz de alto rendimiento altamente tolerantes a la sal permanece como un episodio incompleto y en esta encrucijada los marcadores moleculares encuentran un lugar apropiado para ser utilizados. Estos son más potenciales; tener una mejor resolución y no se ve afectado por el entorno cambiante. En el presente estudio, se hicieron esfuerzos para marcar el gen o genes tolerantes a la sal en un mapeo F3 de Pokkali X IR 28 con fenotipado concurrente en respuesta al exceso de sal en condiciones artificiales. El resultado muestra un amplio polimorfismo con respecto a 10 cebadores decámeros, que es esencial para un programa de marcadores moleculares en el mapeo del gen de interés. A partir de este estudio, se puede concluir que RAPD se puede utilizar en el marcado de genes para la tolerancia a la sal en el arroz sin dudarlo. La presente información es suficiente para que RAPD pueda usarse como un sistema marcador confiable, fácil de manejar y económico en el perfil molecular de segregantes F3.