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L'identificazione delle cultivar è il prerequisito per la commercializzazione di qualsiasi pianta agricola. L'identificazione delle cultivar mediante marcatori biochimici e morfologici è un approccio tradizionale, influenzato da fattori ambientali e dall'età, che porta a un'identificazione imprecisa delle cultivar. L'identificazione delle cultivar è un ostacolo importante per le piante con un'elevata somiglianza morfologica, che a sua volta influisce sulla loro commercializzazione. Per ovviare a questo problema, sono stati sviluppati e impiegati sistemi di marcatori molecolari per identificare e caratterizzare le varietà o le cultivar di interesse. La presente rassegna tratta il ruolo di diversi marcatori molecolari nell'identificazione delle cultivar e il loro stato attuale. Sebbene i marcatori molecolari presentino alcune limitazioni, sono presenti diversi marcatori adatti come RAPD, ISSR, SSR, SNP, SCAR, CAPS ecc. per un'ampia gamma di piante. Questi marcatori potrebbero essere utilizzati efficacemente per l'identificazione autentica delle cultivar vegetali. Inoltre, è necessario sviluppare marcatori adatti per l'identificazione autentica di altre promettenti cultivar di importanti specie vegetali.