Bei all den Fortschritten in der Molekularbiologie mag es überraschen, dass bei der Entwicklung von Pflanzensorten immer noch traditionelle Pflanzenzüchtungsmethoden benötigt werden. Heute wird das Rückkreuzungsverfahren am häufigsten verwendet, um ein Transgen von einer guten Gewebekultursorte, die für die Transformation verwendet wurde, in eine Elitelinie oder -sorte zu übertragen. Die Rückkreuzung ist effizienter als die Transformation der Elitelinie, da die meisten Transformationsprotokolle für eine bestimmte (oft schlecht angepasste und ertragsärmere) Laborlinie optimiert sind. Viele Elitelinien (die sehr ertragreich sind) eignen sich nicht für die Transformation. Daher transformieren Gentechniker ihre Laborlinie und Züchter kreuzen das Trangen aus der Laborlinie in die Elitelinie zurück. Markerunterstützte Selektion ist ein indirekter Selektionsprozess, bei dem ein gewünschtes Merkmal auf der Grundlage eines Markers ausgewählt wird, der mit dem gewünschten Merkmal verknüpftist Markerunterstützte Rückkreuzung (MABC) Die Hintergrundselektion kann das Rückkreuzungsprogramm im Vergleich zur herkömmlichen Rückkreuzung erheblich beschleunigen.
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