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La matière organique est l'un des principaux éléments du système de production de conservation. La matière organique du sol est chargée de contribuer efficacement aux attributs physiques, chimiques et biologiques des sols. Physique, car le MOA améliore la structure du sol ; chimique, car il rend les ions disponibles pour la solution du sol, en plus de contribuer à la teneur en carbone organique et à la CEC (capacité d'échange cationique) ; et biologique, car il améliore l'activité microbienne du sol. La matière organique du sol est le plus grand réservoir de carbone terrestre, sans tenir compte des réserves fossiles. Plus de 58 % de la SOM est constituée de carbone organique.