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Der Krankheitsverlauf umfasst ein Netzwerk von interagierenden molekularen Signalwegen, die aus proinflammatorischen Mediatoren wie Zytokinen, Wachstumsfaktoren, reaktiven Sauerstoffspezies, Matrix-Metalloproteinasen (MMPs) und ihren Inhibitoren und Regulatoren bestehen. Matrix-Makromoleküle wie Proteoglycan und Nicht-Lollagen-Protein können durch Proteinasen aus den vier Hauptklassen (Metallo-, Serin-, Cystein- und Asparagin-Reste im aktiven Zentrum) abgebaut werden. Matrix-Metalloproteinasen (MMPs) sind Mitglieder einer großen Unterfamilie von Zn 2+ und Ca 2+ abhängigen proteolytischen Enzymen, die eine wichtige Rolle bei der parodontalen Zerstörung spielen.