Les micro-organismes jouent un rôle important dans le développement et la progression des maladies pulpaires et péri-apicales. L'objectif principal du traitement endodontique est d'éradiquer l'infection du canal radiculaire et de créer un environnement dans lequel les micro-organismes résiduels ne peuvent pas survivre. Cet objectif peut être atteint en utilisant une combinaison de techniques de traitement aseptique, de préparation chimio-mécanique du canal radiculaire, de solutions d'irrigation antimicrobiennes et de médicaments intracanalaires. Les médicaments intracanalaires comprennent tout agent ayant une action pharmacologique prévue, introduit dans le canal radiculaire. Alors que les solutions d'irrigation démontrent également une action antibactérienne, les médicaments intracanalaires décrivent de manière plus concise les médicaments laissés dans le canal radiculaire pour exercer leurs effets sur une plus longue période. Les agents populaires comprennent l'hydroxyde de calcium, les antibiotiques, les biocides non phénoliques, les biocides phénoliques et les composés iodés. Leur choix dépend de l'état pulpaire et périapical du cas à traiter.