En el proceso de fundamentar la relación teórica entre mediación cognitiva e investigación en la formación de investigadores y generar lineamientos teóricos - metodológicos para la formación del investigador como mediador, se develaron vínculos conceptuales y procedimentales entre la mediación cognitiva y la formación de investigadores, los cuales permitieron delinear procesos inmersos en la indagación como parte del proceso mismo de aprender a aprender. Con la intención de promover y desarrollar en los investigadores y en las redes de investigación la innovación, el aprendizaje, el desaprendizaje y potenciar las funciones cognitivas en los investigadores, los espacios de encuentro para la reflexión y la meta-reflexión; se desarrollaron un cuerpo de lineamientos y competencias necesarias en la formación de investigadores. La transferencia de estos lineamientos está dirigida a la formación de investigadores de cualquier carrera de educación superior, con la intención de aportar alternativas al cumplimiento de la misión de la universidad y la sociedad a favor del mejoramiento de la calidad de vida con responsabilidad ética y ecológica.