Os microrganismos desempenham um papel significativo no desenvolvimento e progressão da polpa e das doenças periapicais. O principal objectivo da terapia endodôntica é erradicar a infecção do canal radicular e criar um ambiente em que quaisquer microrganismos residuais não possam sobreviver. Isto pode ser conseguido empregando uma combinação de técnicas de tratamento asséptico, preparação quimiomecânica do canal radicular, soluções de irrigação antimicrobiana e medicamentos intracanais. Os medicamentos intra-anal incluiriam qualquer agente com acção farmacológica pretendida introduzido no canal radicular. Embora as soluções irrigantes também demonstrem acção antibacteriana, os medicamentos intracanal descrevem mais concisamente os medicamentos deixados no canal radicular para exercer os seus efeitos durante um período de tempo mais longo. Os agentes populares incluem hidróxido de cálcio, antibióticos, biocidas não fenólicos, biocidas fenólicos e compostos de iodo. A sua escolha depende do estado pulpar e periapical do caso a ser tratado.