La progressione della malattia coinvolge una rete di percorsi molecolari interagenti costituiti da mediatori pro-infiammatori come citochine, fattori di crescita, specie reattive dell'ossigeno, metalloproteinasi di matrice (MMP) e loro inibitori e regolatori. Le macromolecole della matrice come il proteoglicano e la proteina non collagenica possono essere degradate dalle proteinasi delle quattro classi principali (metallo, serina, cisteina e residui del sito attivo aspartico). Le metalloproteinasi della matrice (MMP) sono membri di un'ampia sottofamiglia di enzimi proteolitici dipendenti da Zn 2+ e Ca 2+, che svolgono un ruolo importante nella distruzione parodontale.