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A progressão da doença envolve uma rede de vias moleculares em interação feitas de mediadores pró-inflamatórios como citocinas, fatores de crescimento, espécies reativas de oxigênio, metaloproteinases de matriz (MMPs) e seus inibidores e reguladores. As macromoléculas da matriz, como proteoglicanos e proteínas não-olágenas, podem ser degradadas por proteinases das quatro classes principais (metalo, serina, cisteína e resíduos de sítio ativo aspártico). As metaloproteinases de matriz (MMPs) são membros de uma grande subfamília de enzimas proteolíticas dependentes de Zn 2+ e Ca 2+, desempenhando um papel importante na destruição periodontal.