Los sistemas de biodigestión anaerobia y los productos que de estos se obtienen son un elemento indispensable para el desarrollo de sistemas productivos sustentables en el medio rural, debido a los propósitos que los distingue. El confinamiento seguro de las excretas producidas por animales estabulados, la obtención de energía en forma de gas metano, y el aprovechamiento de los efluentes como composta orgánica. Este trabajo se enfoca en monitorear la calidad del sustrato antes y después del proceso de biodigestión. Lo cual se llevó a cabo al determinar las cualidades fisicoquímicas, así como las poblaciones bacterianas (mediante el análisis del 16S rRNA) que se presentaron en el sustrato, y fueron comparadas con los que presentó el efluente obtenido después de un proceso de biodigestión metanogénica.