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La bioquímica y microbiología de los procesos anaerobios es mucho más complicada que en los procesos aerobios, debido al gran número de rutas que puede utilizar una comunidad anaerobia para la bioconversión de las sustancias orgánicas. Estas rutas no se conocen al detalle, pero, en los últimos años, se ha avanzado mucho en las líneas de investigación de este proceso. Entre los principales temas a tratar tenemos: La Microbiología Bioquímica de la produccion de biogas, Bases teoricas de la fermentacion a biogas, estudios de microorganismos, Microbiología y la actividad metanogenica especifica.