Os microrganismos causam praticamente todas as patogenesias da polpa e dos tecidos periradiculares. Para tratar eficazmente infecções endodônticas, os clínicos devem reconhecer a causa e o efeito da invasão microbiana do espaço da polpa dentária e dos tecidos periradiculares circundantes. Uma vez ocorrida a invasão bacteriana do tecido da polpa, tanto a inflamação não específica como a resposta imunológica específica do hospedeiro têm um efeito profundo no progresso da doença. O conhecimento do microorganismo associado à doença endodôntica é necessário para desenvolver uma compreensão básica do processo da doença e uma fundamentação sólida para uma gestão eficaz dos pacientes com infecções endodônticas, embora a grande maioria do nosso conhecimento trate de bactérias, estamos agora conscientes do potencial para a doença endodôntica ser considerada associada a fungos e vírus. Mais de 300 grupos bacterianos de espécies de bactérias são hoje reconhecidos como habitantes normais da cavidade oral. As bactérias presentes nos canais radiculares infectados incluem um grupo restrito de espécies em comparação com a flora total da cavidade oral.