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Os microorganismos são encontrados em toda parte (onipresentes) e são essenciais para muitos dos processos de vida do nosso planeta. No que diz respeito à indústria alimentar, eles podem causar deterioração, impedir a deterioração através da fermentação, ou podem ser a causa de doenças humanas. Existem várias classes de microorganismos, dos quais as bactérias e fungos (leveduras e bolores) serão discutidos com algum detalhe. Outro tipo de microrganismos, os vírus bacterianos ou bacteriófagos, são examinados neste estudo em detalhe.