I microrganismi causano praticamente tutte le patologie della polpa e dei tessuti periradicolari. Per trattare efficacemente le infezioni endodontiche, i medici devono riconoscere la causa e l'effetto dell'invasione microbica dello spazio pulpare dentale e dei tessuti periradicolari circostanti. Una volta che l'invasione batterica del tessuto pulpare ha avuto luogo, sia l'infiammazione non specifica che la risposta immunologica specifica dell'ospite hanno un effetto profondo sul progresso della malattia. La conoscenza del microorganismo associato alla malattia endodontica è necessaria per sviluppare una comprensione di base del processo patologico e una solida base per una gestione efficace dei pazienti con infezioni endodontiche, sebbene la maggior parte delle nostre conoscenze riguardi i batteri, siamo ora consapevoli del potenziale della malattia endodontica da considerare associata a funghi e virus. Più di 300 gruppi di specie batteriche sono oggi riconosciuti come normali abitanti del cavo orale. I batteri presenti nei canali radicolari infetti includono un gruppo ristretto di specie rispetto alla flora totale della cavità orale.