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I microrganismi si trovano ovunque (ubiquitari) e sono essenziali per molti dei processi vitali del nostro pianeta. Per quanto riguarda l'industria alimentare, possono causare il deterioramento, prevenire il deterioramento attraverso la fermentazione, o possono essere la causa di malattie umane. Ci sono diverse classi di microrganismi, di cui i batteri e i funghi (lieviti e muffe) saranno discussi in dettaglio. Un altro tipo di microrganismi, i virus batterici o batteriofagi, sono esaminati in dettaglio in questo studio.