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Les micro-organismes sont présents partout (omniprésents) et sont essentiels à de nombreux processus vitaux sur notre planète. En ce qui concerne l'industrie alimentaire, ils peuvent provoquer une détérioration, empêcher une détérioration par la fermentation ou être à l'origine de maladies humaines. Il existe plusieurs classes de micro-organismes, dont les bactéries et les champignons (levures et moisissures) seront abordés en détail. Un autre type de micro-organismes, les virus bactériens ou bactériophages, sont examinés en détail dans cette étude.