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A chave para o sucesso da terapia periodontal é a eliminação das bactérias patogénicas das bolsas periodontais e o estabelecimento de microbiota compatível com a saúde periodontal. A identificação de cepas patogênicas subgengivais na gengivite e periodontite auxilia o diagnóstico das diferentes doenças periodontais. Por isso, é importante realizar a determinação qualitativa e quantitativa dos patógenos orais para que a previsão da progressão da doença possa ser determinada e a prevenção possa ser feita.