La cavité buccale possède le deuxième microbiote le plus grand et le plus diversifié après l'intestin, abritant plus de 700 espèces de bactéries. Il nourrit de nombreux micro-organismes, notamment des bactéries, des champignons, des virus et des protozoaires. La bouche avec ses différentes niches est un habitat exceptionnellement complexe où les microbes colonisent les surfaces dures des dents et les tissus mous de la muqueuse buccale. En plus d'être le point d'initiation de la digestion, le microbiome buccal est crucial pour maintenir la santé bucco-dentaire et systémique. La compréhension du microbiome oral dans la santé et la maladie donnera de nouvelles orientations pour explorer les altérations fonctionnelles et métaboliques associées aux états pathologiques pour le développement de médicaments et les thérapies ciblées. Ce manuscrit tente d'expliquer les différents aspects du microbiome buccal en santé et en pathologie.