L'endodontie chirurgicale est souvent un dernier recours lorsque le retraitement non chirurgical n'est pas pratique ou qu'il est peu probable qu'il améliore un résultat antérieur. En particulier, seule une intervention chirurgicale peut résoudre les cas impliquant une lésion persistante liée à un kyste périapical ou à une anatomie complexe du canal. Ces dernières années, des techniques modernes comprenant l'utilisation d'outils d'agrandissement, de micro-instruments, d'instruments à ultrasons et de matériaux d'obturation plus biocompatibles ont été introduites. Les techniques EMS actuelles comprennent l'utilisation d'un microscope opératoire pour mieux identifier les canaux, les fractures et les isthmes ; des instruments ultrasoniques angulés pour la préparation de l'extrémité de la racine, facilitant une préparation précise de l'extrémité de la racine le long de l'axe long du canal radiculaire sans bloquer la visibilité ; et de nouveaux matériaux d'obturation de l'extrémité de la racine, tels que l'agrégat de trioxyde minéral (MTA), qui ont amélioré la résistance aux fuites, la biocompatibilité, les propriétés antimicrobiennes, et la tolérance à l'humidité . La technique ultrasonique a permis d'obtenir un taux de guérison de 95 %, contre 65 % avec les techniques traditionnelles.