Pour fabriquer des produits de petites tailles, appelés micro-produits, l''utilisation de systèmes de production de dimensions habituelles conduit à des problèmes difficile à surmonter: coûts d''investissement et de fonctionnement des outils de production et problèmes techniques à cause des effets d''échelle. Il en résulte une situation non concurrentielle même pour des systèmes automatisés. La solution d''avenir consiste à disposer de systèmes de production dont les dimensions et les coûts sont en rapport avec les produits concernés: c''est le concept de micro-usine (microfactory). L''objectif de cette thèse porte sur la conception et la commande d''une station de micromanipulation dédiée à une micro-usine. Afin d''assurer une flexibilité maximale à la micro-usine, nous proposons d''aborder la problématique de sa conception en développant à son maximum le concept de modularité. Il semble être une clé pour intégrer les spécificités d''un microsystème de production. Cette modularité doit se trouver au niveau de la commande, autant pour les tâches à réaliser que pour le pilotage de la station de micromanipulation.