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Los estereomicroscopios pueden dividirse a grandes rasgos en dos familias básicas, cada una de las cuales tiene características positivas y negativas. El sistema estereomicroscópico más antiguo, que lleva el nombre del inventor Greenough, utiliza tubos de cuerpo gemelos que se inclinan para producir el efecto estereoscópico.Un sistema más reciente, denominado objetivo principal común, utiliza un único objetivo grande que se comparte entre un par de tubos oculares y sistemas de lentes. Cualquiera de los dos tipos de microscopio puede estar equipado con lentes individuales de tipo escalonado para cambiar el aumento, o con un sistema de aumento de tipo zoom continuamente variable.La principal característica que identifica a los microscopios estereoscópicos es el hecho de que contienen dos trayectorias de luz separadas y cada una de ellas proporciona un ángulo de visión diferente. Como resultado, el usuario consigue observar imágenes tridimensionales del objeto investigado. Esto lo convierte en la herramienta ideal para ver las características externas de objetos/especimenes relativamente grandes, la disección de especímenes biológicos, así como la reparación de placas de circuitos, etc.
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