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Os estereomicroscópios podem ser divididos aproximadamente em duas famílias básicas, cada uma com características tanto positivas como negativas. O sistema estereomicroscópico mais antigo, com o nome do inventor Greenough, utiliza tubos de corpo duplo que estão inclinados a produzir o efeito estereoscópico.Um sistema mais recente, denominado o objectivo principal comum, utiliza um único grande objectivo que é partilhado entre um par de tubos oculares e sistemas de lentes. Qualquer tipo de microscópio pode ser equipado com lentes individuais do tipo step-type para mudar a ampliação, ou um sistema de ampliação do tipo zoom continuamente variável.A principal característica identificadora dos microscópios estéreo é o facto de conterem dois caminhos de luz separados, com cada um dos caminhos de luz a proporcionar um ângulo de visão diferente. Como resultado, o utilizador pode observar imagens tridimensionais do objecto em investigação. Isto torna-o a ferramenta ideal para visualizar as características externas de objectos/espécimes relativamente maiores, dissecação de espécimes biológicos, bem como reparação de placas de circuito, etc.