In der mikrobiellen Ökologie wird untersucht, wie Mikroorganismen miteinander und mit ihrer Umwelt interagieren. Sie konzentriert sich auf mikrobielle Gemeinschaften in verschiedenen Lebensräumen, vom Boden und Wasser bis zum menschlichen Körper und extremen Umgebungen. Zu den Schlüsselbereichen gehören Nährstoffkreisläufe, symbiotische Beziehungen und ihre Rolle in biogeochemischen Kreisläufen. Das Verständnis der mikrobiellen Ökologie hilft beim Management von Ökosystemen, bei der Bioremediation und bei der Vorhersage von Reaktionen auf Umweltveränderungen wie Klimawandel und Umweltverschmutzung.