MikroRNA-Zielprotein Identifizierung mittels quantitativer Proteomik
Etablierung und Validierung quantitativer Proteomik-Techniken zur Identifizierung von mikroRNA-Zielproteinen im Mantelzelllymphom
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MikroRNAs (miRNAs, miRs) sind endogene etwa 22 Nukleotide lange RNAs. Sie binden an Bereiche innerhalb der messenger RNAs (mRNAs) und regulieren dadurch ihre Ziele post-transkriptional. Ihre Wirkung ist dabei nur zu einem geringen Anteil die mRNA Degradation, der Hauptmechanismus besteht in der Inhibition der Translation. In dieser Arbeit sollten miRNA Ziele auf Proteinebene identifiziert werden. Um dies zu ermöglichen, wurden zwei verschiedene quantitative Proteomik-Techniken eingesetzt. Bei der 2D DIGE (zweidimensionale difference in-gel electrophoresis) handelt es sich um eine Gel-basierte...
MikroRNAs (miRNAs, miRs) sind endogene etwa 22 Nukleotide lange RNAs. Sie binden an Bereiche innerhalb der messenger RNAs (mRNAs) und regulieren dadurch ihre Ziele post-transkriptional. Ihre Wirkung ist dabei nur zu einem geringen Anteil die mRNA Degradation, der Hauptmechanismus besteht in der Inhibition der Translation. In dieser Arbeit sollten miRNA Ziele auf Proteinebene identifiziert werden. Um dies zu ermöglichen, wurden zwei verschiedene quantitative Proteomik-Techniken eingesetzt. Bei der 2D DIGE (zweidimensionale difference in-gel electrophoresis) handelt es sich um eine Gel-basierte und bei SILAC (stable isotope labelling by amino acids in cell culture) um eine Gel-freie, massenspektrometrische Quantifizierungstechnik. Aufgrund der höheren Proteomabdeckung und damit auch der höheren Anzahl durch miR-155 regulierten Proteine stellte sich die SILAC-Technik als die geeignetere Methode heraus. Des Weiteren konnte erstmalig auf Proteomebene gezeigt werden, dass mikroRNA Zielproteine Zelllinien-spezifisch sind. Aufgrund dieser Erkenntnisse wurden die für die Mantelzelllymphom Krebsentität relevanten Zielproteine von miR-15a und miR-16-1 in der Granta-519 Zelllinie untersucht.
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