Les graves risques que l'ochratoxine A (OTA) engendre sur la santé des consommateurs, ont conduit les instances sanitaires à établir des normes qui définissent les limites maximales tolérables dans dans le café. Et avec le nouveau règlement européen 178/2002 imposant la détermination d'origine géographique dans le processus de traçabilité des produits alimentaires au cours des transactions commerciales, les normes se durcissent. Dans la pratique, il est difficile de déterminer avec exactitude l'origine géographique des produits. Le présent travail a eu pour objectif de déterminer les teneurs en OTA du café par dosage chromatographique, d'identifier et de mettre en uvre une méthode utilisant la PCR-DGGE pour analyser la totalité des flores fongiques présentes sur les échantillons de café et de déterminer l'origine géographique de ce dernier. 104 échantillons de café ont été collectés et deux traitements ont été évalués, à trois étapes différentes du procédé de transformation. Les résultats obtenus ont montré que: Le stade de prélèvement a une influence significative sur la teneur en OTA du café; et la PCR-DGGE peut être utilisée comme outil de traçabilité du café.